Dans les années 1960, un couple de missionnaires et leur jeune fils sont entrés dans la jungle amazonienne brésilienne à la recherche d'Indiens encore déconnectés de la notion de Dieu. Martin Quarrier (Aidan Quinn) est sociologue et finit par être intéressé par les expériences d'un autre couple, les Hubens. Les intentions religieuses et l'harmonie entre blancs et indiens sur le site sont instables en raison de la présence de Lewis Moon (Tom Berenger), un mercenaire d'origine indienne américaine.